个税申报大于实际发放金额要先看个人所得税申报系统申报金额正确还是实际发放金额正确，如果申报金额正确的话，要调整账务处理补计提工资，如果是实际发放金额正确的话，要更正个人所得税申报，按照正确的金额申报。