企业发行股票支付的手续费，应该分两种情况，

1、如果是溢价发行股票，应从溢价中抵扣，冲减资本公积（股本溢价）。

2、如果是无溢价发行股票或溢价金额不足以抵扣的，应将不足抵扣的部分冲减盈余公积和未分配利润。