土地增值税应纳税额的计算方法：

应纳土地增值税=增值额*税率。

如果增值额超过扣除项目金额50%以上，在计算增值额时，需要分别用各级增值额乘以适用税率，得出各级税额，然后再将各级税额相加，得出总税额。