如果是自主研发的申请专利的代理费应计入研发支出，待研发完成形成专利时转入无形资产。

借：研发支出—资本化支出，

贷：银行存款，

借：无形资产，

贷：研发支出—资本化支出。

申请成功后期的代理费计入当期损益：

借：管理费用—专利代理费，

贷：银行存款。