免税农产品的进项税可以抵扣。根据《中华人民共和国企业所得税法》，企业在当期纳税申报期内发生的进项税额，可以使用免税农产品进行抵扣。具备资质的农产品经营企业，可以根据《企业所得税法》的规定，申报抵扣农产品的进项税。
具体操作步骤如下：
首先，企业需要申报收购的免税农产品，并将收购凭证报送税务机关进行审核。
其次，经过税务机关的核实后，会下发抵扣农产品进项税的凭证。
**，在当期纳税申报期内应纳税款时，企业可以利用抵扣农产品进项税的凭证，来抵扣企业在当期纳税申报期内发生的进项税额。
需要注意的是，在申报抵扣农产品进项税的过程中，企业还需要提供一些必要的材料，包括有效的农产品发票、农产品采购合同、农产品商标检验报告以及农产品采购单据等。此外，税务机关还会对企业购买免税农产品的资金签证进行审核，以确保农产品抵扣进项税的真实性。
总的来说，免税农产品的进项税是可以抵扣的，但必须遵循上述步骤，进行正规的报税操作。