当员工在汇算清缴个人所得税时，如果手机号码发生了变更，需要登录个人所得税的APP进行修改。具体操作步骤如下：
1. 登录个人所得税app，进入个人**。 2. 在个人**中找到安全**选项，点击进入。 3. 在安全**中，找到并点击修改手机号码的选项。 4. 按照提示完成手机号码的修改。
通过以上操作，员工在汇算清缴个人所得税时可以收到验证码，方便进行个税的汇算清缴工作。
补充说明一下，什么是个人所得税的汇算清缴呢？个税汇算清缴是指对上一年度个人所得税进行清算的过程。根据目前的个人所得税法，工资薪金所得、劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得被合并为“综合所得”，个人需要在次年的3月1日至6月30日内办理汇算清缴。
个人所得税采用分月、分季形式进行预缴。一般情况下，纳税人根据本季度的课税依据计算应纳税款，但与全年决算的课税依据往往存在差异。因此，在年度终了后，需要根据纳税人的财务决算进行汇总计算，清缴税款，并对已预交的税款进行多退少补的处理。