工伤法院判决的赔偿款主要根据企业前期支付的赔偿款互相配合进行处理。具体的会计分录如下：
1. 企业发生工伤时，支付了相关的费用。借：其他应收款—保险公司；贷：银行存款。 2. 收到判决的赔偿款时。借：银行存款；应付职工薪酬—福利费用（单位应该承担的部分）；贷：其他应收款—保险公司（保险公司承担的部分）。 3. 结转单位自己承担的费用到福利费。借：管理费用—福利费用；贷：应付职工薪酬—福利费用。
补充：没有发票的赔偿金是否可以税前扣除？
没有发票的赔偿金只要是和经营有关，有凭有据，是可以税前扣除的。具体依据如下：
《企业所得税法》规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。该赔偿金的支出如果是与企业生产经营有关的，可以在企业所得税税前扣除。
法院判决企业支付赔偿金，因为没有发生应税行为，所以无法开具发票。企业可凭法院的判决文书与收款方开具的收据作为扣除凭据。