员工要是自愿放弃，多交的计入营业外收入，要是不放弃：

（1）工资已经扣除多扣的部分，实务中有的是可以和员工沟通，同意后期申报收入调整，找平这笔，个税是按全年累计算的，整不影响，会计可以先不做分录修正，备查簿中备查；

（2）工资已经扣除多扣的部分，员工想后期汇算退税的话或走申请退税流程到个人的话，可以更正申报当月数据即可，账务上不用做调整；

(3)工资没有扣除多扣的部分，更正前期申报数据，退税回单位，

借：应交税费-个人所得税，

贷：其他应付款-退税。