企业在增值税发票勾选平台进行发票勾选时查不到相关发票，可能有以下原因：

1、首先需要核实一下发票号码、代码、购方识别号等信息的准确性，确认发票是否开错；

2、查看开票日期，是否是当天开具的发票，增值税发票勾选平台不含当天开具的发票；

3、开票方离线开票未上传，请联系开票方确认开票软件中对应发票的上传状态;

4、销方离线开具的发票，在本平台无法查询到，在销售方上传发票至税务局端后，方可体现在勾选认证平台中。