企业支付的知识产权代理费，可以跟该项知识产权一起计入到无形资产科目，如果是一般纳税人取得专用发票的，其对应的进项税额可以抵扣。企业支付知识产权代理费时，对应的分录为，

借：无形资产—XX知识产权—代理费，

应交税费—应交增值税—进项税额，

贷：银行存款。