首先，根据要求，企业应该按提供货物和开具发票的对方来支付货款，以保证三流一致，如果不能对应的，税务局有权对交易的真实性进行调查核实。如果实操中确实是出现收款方和开发票方不是同一公司的，一般建议写个三方协议，明确事情原由和经过。