增值税应纳税额为负数通常是因为预交的增值税税款金额超过了本来需要缴纳的增值税应纳税额。增值税应纳税额=销项税额—进项税额，当预交的增值税税款金额大于应交增值税的时候，就会导致增值税应纳税额为负数。